Canvasにより描画先に描画するときの描画方法はglobalCompositeOperationプロパティで指定します。
以下に適用例を示します。
四角が描画先にあらかじめ描画されている内容(destination)、円が描画する内容(source)です。
IE11で正常に動作したもののみ図示しています。

globalCompositeOperationプロパティ

source-atop	描画先の描画されている領域のみ描画されます。
source-over	描画先を上書きします。（初期値）
destination-out	描画先が切り取られ透明になります。
destination-over	描画先の裏側に描画されます。
lighter	描画先とor演算して描画します。
xor	描画先と重なっているエリアは透明になります。